转基因基地位于东北农业大学校本部，占地面积约54亩。2009年由科技处牵头开始建设和管理，2018年土地面积二期扩建，2022年完成温室等附属设施建设。2022年末基地管理职责由科技处划转至实验实习与示范中心，中心负责运行管理、条件建设、设施维护、机耕整地、环境治理、材料销毁、日常安全及门卫管理等工作。

基地土质肥沃、灌溉方便、环境适宜，适合各类作物的种植，基地周围无种植区并建有围墙，具有良好的隔离条件。现有试验用地约39亩，配有盐碱池22个、日光节能温室1栋、抗旱棚3栋、网棚5栋。主要开展种植类转基因项目中间试验和环境释放试验，近年来，年均承接转基因试验35项左右。